沈陽反滲透設備在運行過程中存在著各種形式能導致其反滲透膜的元件濃水側表面結垢，比如水合金屬氧化物，含鈣沉淀物、有機物及生物，也就是覆蓋在膜表面上的各種沉積物。

膜表面的污垢可能會降低效果的發揮程度，如減少產水流量，降低脫鹽率，存在污垢可能會影響的另一個就是進水和濃水間的壓差增加，對于沈陽反滲透設備的清洗來說，可以添加一些清洗劑，對內部產生的污垢進行清潔，有針對性地進行清洗和養護。

在清洗沈陽反滲透設備，可以利用酸性清洗劑或堿性清洗來提高清洗的效率，還可以針對出現有機物和微生物地存在，進行系統地消毒和殺菌處理，保證膜元件表面在運行地初期不會出現有機物和微生物附著地現象，來確保設備穩定地運行，提高系統運行的壽命。制定清洗方案包括清洗劑的選用，清洗循環，浸泡時間以及PH值得確定。